خودش به صاحب دیوان گفته بود که برای انتقام از ملا تقی به مسجدی که وی در آن نماز میخواند رفته و وقتی ملا تقی به نماز فجر ایستاده بود به او حمله کرده بود. گفته بود "هیچکس هنوز در آنجا نبود. من آهسته از پشت سرش رفتم تا نزدیک او رسیدم و ایستادم. وقتی که سر بسجده گذاشت نیزه کوچکی را که همراه داشتم بیرون کشیدم و با نهایت قوت به پشت سرش فرو کردم. ملا تقی فریادی هولناک کشید. من هم او را بپشت انداختم. خنجرم را بیرون آوردم و با قوت هر چه تمامتر به اعماق حلق او فرو بردم و به پشت و پهلویش نیز چند زخم زدم و همانطور او را در میان محراب انداختم". سپس از راه پشتبام فرار کرده بود.

بالا روایتی است که نبیل زرندی مولف تاریخ نبیل از ملا عبدالله شیرازی که در رمضان سال 1263 هجری وارد قزوین شده بود در باب قتل ملا محمد تقی برغانی (معروف به شهید ثالث) نقل میکند. اما چرا ملا عبدالله تصمیم به قتل ملا تقی گرفته بود. در بخشی از همان اعتراف به صاحب دیوان گفته بود که وی در آن زمان بابی نبوده و برای تحقیق در امر بابی راهی ماکو و دیدار باب بوده که به قزوین وارد میشود و میبیند که مردم شخصی را گرفته و عمامه اش را به گردنش انداخته و اذیت و آزار میکنند. زمانی که علت را جویا میشود میگویند برای این بوده که آن شخص از شیخ احمد احسائی و سید کاظم رشتی تمجید نموده و ملا تقی حکم به کفر او نموده است. او که از پیروان شیخ و سید بوده برای تحقیق به مجلس درس او میرود و ملا تقی در پاسخ او میگوید که شیخ احمد بحرینی و اتباعش همه گمراه و خدا نشناسند. این دلیل خشم ملا عبدالله و تصمیم او به قتل ملا تقی بود.

 ملا تقی عموی طاهره قرهَ العین و همچنین پدر شوهر او بود که با او اختلاف داشت و همین باعث شد که خانواده ملا تقی طاهره را در آن قتل سهیم بدانند. به روایت نبیل در شهر ولوله میشود و هرکس با هر کس دشمن بوده او را قاتل ملا تقی معرفی میکند و جمعی بیگناه گرفتار میشوند. ملا عبدالله که از گرفتاری بیگناهان گرفتار عذاب وجدان شده نزد حاکم شهر رفته و اعتراف میکند اما حاکم اعتراف او را باور نمیکند و او را هم به زندان میبرند و سپس به تهران منتقل مینمایند. صاحب دیوان نیز که از خوش نیتی و نیک قلبی او خوشش آمده وسائل فرار او را فراهم میسازد.

ملا محمد، پسر عمو و شوهر سابق طاهره که از قتل پدر خشمگین بود تصمیم میگیرد که طاهره را در این داستان متهم نموده و بدین ترتیب از او انتقام بکشد و موفق میشوند که وی را در منزل پدرش ملا صالح محبوس سازند. زندانیان را به تهران فرستاده و در منزل یکی از کلانترهای تهران محبوس میسازند. وراث ملا تقی به هر در میزدند که آنها را به اتهام قتل ملا تقی و خروج از دین اعدام نمایند. آنها به تهران آمده و به حضور محمد شاه رفته از او دادخواهی کرده خواستار قتل محبوسین میگردند. محمد شاه به آنها میگوید مقام پدر شما که از امیر المومنین بالاتر و برتر نیست. زمانی که حضرت امیر به شمشیر ابن ملجم شهید شد بازماندگان آن حضرت فقط ابن ملجم را که قاتل بود مقتول ساختند. به چه مناسبت شما برای قصاص ملا تقی می خواهید عده ای را مقتول سازید. بروید قاتل حقیقی را پیدا کنید و من هم حکم میدهم که او را قصاص کنند. وراث ملا تقی هم که ناامید شده بودند گفتند که قاتل پدر ما شیخ صالح است. شیخ صالح یکی از هواداران طاهره بود که در رکاب او از عراق به ایران آمده بود. محمد شاه نیز حکم قتل شیخ صالح را داد و وراث جابر با نهایت ستمکاری شیخ صالح مظلوم بیگناه را بقتل رساندند.

روایت دوم

روایت دوم مسبب قتل را طاهره قرةالعین و قاتلین را بابیان هوادار او میداند. این روایت در کنار ادله دیگر تکیه بر گزارشی از محمد مصطفی بغدادی میکند که در آن هنگام طفلی ده ساله بوده است. هنگامی که طاهره از بغداد رهسپار قزوین شد برخی از بابیان بغداد و کربلا نیز با او به قزوین آمدند و از جمله یکی از شیوخ بابی بغداد به نام شیخ محمد شبل که پسرش محمد مصطفی را نیز با خود همراه داشت. طاهره پس از ورود به قزوین در منزل پدرش حبس گشته بود. محمد مصطفی بغدادی در رساله ای کوتاه مینویسد که او که در آن زمان ده سال داشته است رابط میان طاهره که در منزل پدرش حبس گشته بود و بابیان پیرو او بوده است. به روایت او طاهره هر روز به خانه ای در نزدیکی منزل آنها آمده و ساعتی توقف مینمود و در آن حال برخی زنان از جانب پدر و عمویش مراقب او بودند. او مینویسد:

روزی پدرم از من خواست که به خدمت طاهره رفته مطالبی را عرض کرده و جواب بگیرم. آن مظلومه در ضمن سخنان امر فرمود که از قزوین خارج شده و به تهران برویم که مقام ظهور بود. چون روز بعد به محضرش رسیدم گفت: آیا آنچه گفتم به پدرت ابلاغ نمودی؟ گفتم: بلی، ولکن ایشان نام طهران را به مقام طاهر تأویل کردند. گفت بسیار خوب، به آنها بگو به قم بروید. و چون این امر را به ایشان رساندم گفتند مقصود آن بزرگوار از قم،  قیام به امر الهی است. روز سوم که با آن مظلومه روبرو شدم پرسید: پیام را به این جماعت ابلاغ کردی؟  گفتم بلی ولی تاویل به قیام امر الهی کردند. پس تبسمی کرده گفت: نزد آنان برو و بگو توجه به مشهد مقدس در خراسان بنمایند. چون پیام را ابلاغ کردم ایشان مشهد را به مشهد نفس رحمانی معنی نمودند. روز چهارم که به خدمتش رسیدم پرسید آیا پیام مرا به پدرت و همراهانش ابلاغ کردی؟ چون پاسخ دادم که آن را نیز چنان معنی نمودند بر افروخت و گفت: معنی نکنید. هیچ سری در ضمیر پیام من نیست. باید حرکت کرده و از قزوین خارج شوید چرا که به زودی زلزله عظیمی در قزوین رخ خواهد داد و قزوین به حرکت در آمده و خون شما ریخته خواهد شد. پس من بازگشتم و آن پیام را ابلاغ کردم و آنها گفتند نزد او برو و بپرس پس چرا شیخ صالح کریمی و ملا ابراهیم محلاتی با ما خارج نمیشوند؟ و چون به محضرش رفتم و این را پرسیدم فرمود که نزدشان برگرد و بگو که شیخ صالح و فاضل ملا ابراهیم وقتشان به انتها رسید و زمانشان سر آمد و شهادت در راه حق سبب حیاتشان است اما هنوز زمان شهادت شما نشده است. پس من برگشتم و امر صریح را به ایشان ابلاغ داشتم و همان روز به طهران رفتیم ولی شیخ مکوئی و جماعت اعراب به قم توجه کردند و بعد از پانزده روز، آن واقعه در قزوین واقع شد و حاجی ملا تقی به قتل رسید.

متاسفانه تاریخ نویسی ما پر از دروغهای بی اساس و تمجیدهای بی دلیل و روایت های گوناگون در مورد رخدادهای تاریخی است که گاه پرده ای بر حقیقت کشیده است. از این دو روایت در مورد قتل ملا تقی آن چه نبیل نوشته بسیار بی اساس به نظر میرسد. چرا در آن جامعه ای که آن همه دودستگی میان اصولیان و شیخیان پیش آمده بود و بسیاری از علمای اصولی شیخ و سید را تکفیر کرده بودند شخصی به نام عبدالله شیرازی تصمیم به قتل ملا تقی بگیرد؟ چرا پس از شرح ماجرا و اعتراف به چنین قتل مهمی صاحب دیوان باید برای خوش نیتی و نیک قلبی وی وسائل آزادی اش را فراهم کند؟ همین صفات خوش نیتی و نیک قلبی که نبیل برای این شخص بکار برده جای تامل بسیار دارد. بعد هم خانواده مقتول میروند پیش محمد شاه و او هم بدون این که اهمیتی برای اجرای عدالت قائل باشد به صورتی میگوید فقط یکی میکشم، شما بگوئید که را بکشم تا من بکشم. آنها هم میگویند شیخ صالح کشته و او هم شیخ صالح بیگناه را میکشد. آن هم پادشاه عادل و خردمندی چون محمد شاه قاجار که او را سلطان قاضی میخواندند. روایت دوم که با معلومات ناقص بنده از سوی بابیان و بهائیان نیز رد نشده است حکایت از این دارد که طاهره از وقوع حادثه ای در آینده نزدیک خبر داشته و میدانسته که به آزار بابیان خواهد انجامید. شور انقلابی طاهره و اعتقادات مذهبی او که بر اساس آن عمویش ملا تقی دشمن امام زمان بوده است و دشمنی عمو و شوهر سابق با وی این را محتمل میسازد که وی در قتل ملا محمد تقی برغانی نقش داشته است.