به گفته مهدی عراقی، وی زمانی رسید که اعدام آن چهار نفر صورت گرفته بود. وی می‌گوید :« وقتی من رسیدم، خلخالی و تیم‌اش مشغول مذاکره برای نوشتن ادعانامه علیه اعدام شدگان بودند. من بسیار عصبانی شدم و بر سر آنها فریاد زدم که شما چه دینی دارید؟ اول می‌کشید بعد می‌خواهید کیفرخواست بنویسید.» خلخالی در روز ۵ آذر سال ۱۳۸۲ بر اثر بیماری قلبی و به دنبال یک انزوای ده ساله درگذشت.