شنبه یکم دی‌ماه ۱۲۹۰ خورشیدی روس‌ها در تبریز دست به کشتار پردامنه‌ای زدند و عده‌ای را به وضع دلخراشی با نفت و بنزین سوزاندند و برخی دیگر را نیز در تنور آتش انداختند. همزمان در مشهد هم قزاقان روس بازار مشهد را غارت کرده و دکانین را به آتش کشیدند.

نائب یوسف در بیشتر جنگ‌هایی که مرتبط با مشروطیت و هکماوار بود، شرکت داشت و از جمله آن‌ها، جنگ روز بیستم شهریور ماه، سال ۱۲۸۷ خورشیدی بود، آن روز، روز بسیار سختی برای تبریز بود، چرا که لشکریان دولتی می‌خواستند به هر طریق که ممکن بود تبریز را تحت تصرف خود درآورند، آن روز سپاه ماکو نیز جزو دولتیان مهاجم بود و توپ‌های شلیک شده از طرف آنان در محله  جامش‌آوان (جمشیدآباد کنونی) می‌ترکید و چنان غرشی می‌کرد که اهالی چنین می‌پنداشتند که گردان بزودی فرا می‌رسد، ناتوانی و وحشت همه جای هکماوار را فرا گرفته بود تا جایی که عده‌ای از مردم بی‌دفاع محله قصد بیرون رفتن از منطقه از طریق باغ‌ها و امان خواهی از فرمانده سپاه ماکو را داشتند، در این حین نائب یوسف به یکباره با تفنگدارانش شلیک کنان از پشت سر ماکوئیان سر رسیده و با پراکنده کردن آن‌ها از ذلت و خواری هم محله‌ای‌هایش در آن زمان جلوگیری کرده و مانع ویرانی حکماوار و تسلیم شدن اهالی شد.


یوسف خان حکم آبادی در هجدهم دی ماه ۱۲۹۰ خورشیدی در ورجی‌باشی (ویجویه) به طور تحقیرآمیزی به دار آویخته شد، روس‌ها کلاه یوسف خان را طلب کردند، اما او حاضر به این کار نشد، چرا که بنا به موضوعات اجتماعی حاکم بر ایران، کلاه نماد مردانگی بود و روس‌ها که با مقاومت یوسف خان مواجه شدند، او را سرا پا اعدام کرده و سپس بدن او را به دو نیم کرده و یک پای او را از این سر و پای دیگرش را از آن سر دروازه آویزان ‌کردند تا مردم تبریز یک هفته شاهد عاقبت مجاهدان باشند و بترسند.

مردم تا یک هفته شاهد این اتفاق‌های فجیع بودند، پیکر یوسف خان را با گچ یک جا جمع کرده و در گورستان قدیمی حکم آباد دفن کردند، این گورستان در سال ۱۳۳۰ به مدرسه نیر تبریزی تبدیل شد، مقبره یوسف خان در بخشی از حیاط مدرسه قرار داشت که امروز هم به مدرسه محدثه شهرت دارد.