وی پس از آغاز درگیری مسلحانه میان جمهوری اسلامی و سازمان مجاهدین خلق به همراه ۸۰ تن دیگر در زندان اوین اعدام شد.


آشوری همچنین به دلیل انتشار کتابی بعنوان توحید آشوری توسط برخی روحانیون بلند پایه تکفیر شده بود. احمد قابل در نامه خود به علی خامنه‌ای که در سالهای اخیز انتشار یافت از اینکه وی در برابر اعدام آشوری سکوت کرد، از او انتقاد می‌کند و می‌گوید: «در هنگامه محاکمه و اعدام دوست و همراه و همفکر سابق شما، مرحوم شیخ حبیب الله آشوری به اتهام ارتداد سکوت کردید و شاهد جان باختن فردی شدید که به جرم انتشار کتاب «توحید» و اصرار و شهادت آقایان شیخ ابوالقاسم خزعلی (عضو سابق شورای نگهبان) و شیخ محمد تقی مصباح یزدی مبنی بر کفر آمیز بودن مطالب و مرتد بودن نویسندهٔ آن کتاب اعدام شد.»

قابل همچنین خامنه‌ای را در شهادتی بی‌سابقه متهم می‌کند که خود مدعی مالکیت و تألیف کتاب توحید بوده‌است:

وجدان شما بهتر از هرکسی گواهی می‌دهد که در جلسات متعدد و تلاش‌های مکرر و ناموفق دوستان مشهدی و خراسانی برای آشتی دادن شما با مرحوم آشوری (پیش از پیروزی انقلاب)، سخن اصلی شما این بود که «مطالب کتاب توحید از من است که این آقا به نام خودش چاپ کرده‌است». شگفت‌انگیز نیست که از دو نفر با یک دیدگاه، یکی اعدام شود و دیگری تکریم؟ یکی شایسته گور باشد و دیگری شایسته رهبری نظام اسلامی.

به گفته مهدی خزعلی (که پدرش آیت‌الله ابوالقاسم خزعلی از جمله کسانی بود که به ارتداد آشوری اعتقاد داشت) اسدالله لاجوردی با دریافت فتوی از آیت‌الله خزعلی و آیت‌الله مصباح یزدی وی را اعدام کرده‌است. گرچه او مدعی است که فقها خبر نداشتند غرض لاجوردی از استفتا از ایشان اعدام وی است.