نخستین مرکز نوین آموزش پزشکی در سال ۱۲۳۰ به همت میرزا تقی خان امیرکبیر به عنوان بخشی از مدرسه دارالفنون تاسیس شد. یاکوب ادوارد پولاک اتریشی به عنوان معلم حکمت و طب و جراحی و فوکتی ایتالیایی به عنوان معلم علوم طبیعی و دواسازی در دارالفنون به استخدام درآمدند. پولاک به تدریج فارسی آموخت و با کمک نخستین شاگردانش به تالیف کتب پزشکی به زبان فارسی و معادل‌یابی دقیق واژگان پزشکی فرانسوی پرداخت که نخستین کتب مدرن پزشکی فارسی محسوب می‌شدند

پولاک بنیان‌گذار و نخستین انجام‌دهنده بسیاری اقدامات پزشکی مدرن در ایران است؛ از جمله نخستین عمل جراحی مدرن که در دسامبر ۱۸۵۲ انجام شد و در آن فوکتی برای نخستین بار در ایران از اتر برای بیهوشی استفاده کرد، و یا کالبدشکافی یکی از معلمان فوت شده دارالفنون که اولین نمونه از بررسی‌های پزشکی قانونی در ایران هم محسوب می‌شود. پس از آن چند تن از شاگردان برای تکمیل تحصیلات به فرانسه اعزام شدند ولی نخستین کسی که در ایران درجه دکتری گرفت خلیل خان (اعلم الدوله) ثقفی است که در ۱۳۰۵ فارغ‌التحصیل شد

در هفتادمین سالگرد تاسیس دارالفنون، شعب طب و داروسازی آن جدا شد و با عنوان «مدرسه طب و داروسازی» به فعالیت ادامه داد. تا سال ۱۳۰۳ مدرسه در همان دارلفنون دایر بود که در این سال به یکی از حیاط‌های عمارت مسعودیه منتقل شد. در سال ۱۳۱۳ با تصویب قانون تاسیس دانشگاه مدرسه طب و داروسازی به یکی از دانشکده‌های این دانشگاه تبدیل شد. سالن تشریح نخستین بخش از محوطه اصلی بود که شروع به کار کرد در سال ۱۳۱۸ پروفسور شارل ابرلن از آسیب‌شناسان به نام دنیا به ریاست دانشکده پزشکی درآمد. پس از وی امیراعلم و سپس جواد آشتیانی این ریاست را بر عهده داشتند. در سال ۱۳۱۳ شرط تکمیل دوره طب طی کردن پنج سال تحصیل بود که در سال ۱۳۱۵ به ۶ سال افزایش یافت و در ۱۳۳۶-۳۷ با یک سال کارورزی به ۷ سال رسید که تا امروز بدون تغییر مانده است. از سال ۱۳۳۵ دانشکده‌های دندانپزشکی و داروسازی مستقل شدند. در ۱۳۴۰ برای دانشکده چهار رشته پزشکی، جراحی، بیماری‌های زنان و مامایی تعیین شد.