مجتبی خامنه‌ای طی دو دهه، عضو کمیته محرمانه‌ای با مسئولیت تعیین تکلیف پرونده‌های بسیار حساس سیاسی و امنیتی در جمهوری اسلامی بود. با این حال، در این مدت حتی یک بار به طور علنی ولو برای دفاع از جمهوری اسلامی اظهار نظر نکرد. حسین باستانی، مجتبی خامنه‌ای را چهره‌ای می‌داند که تمام تجربه سیاسیش، پشت پرده محافل قدرت شکل گرفته و در جایگاه رهبر، بخش‌های باز هم بیشتری از معادلات سیاسی حکومت را به پشت پرده خواهد برد.